Medeltiden sträcker sig från 1000-talet till 1520. Till de medeltida arkiven räknas därför som regel handlingar som upprättats före Gustav Vasas tid (1521-1560).
Ett arkiv är speciellt viktigt för medeltida handlingar. En stor del av Stadsarkivets medeltida arkivhandlingar återfinns i arkivet Borgmästare och råds arkiv före 1636. Ämbetsböckerna innehåller förteckningar över stadens anställda. Det finns två så kallade jordeböcker från åren 1420 till 1497 bevarade. De innehåller uppgifter om köp, arv och byten av fastigheter. Skottböcker, med uppgifter om skattebelopp och erlagd skatt, återfinns från 1460. Tänkeböckerna innehåller minnesanteckningar eller protokoll, som fördes vid Stockholms rådhusrätt. De är den rikaste källan till uppgifter om livet i staden under medeltid och 1500- och 1600-tal. Den äldsta bevarade boken innehåller uppgifter om tidsperioden 1474 till 1478. Medeltida handlingar finns även i Privilegiebrevsamlingen (1423 till 1699) och i Pergamentsbrevsamlingen (1389 till 1812).

En stor del av materialet är tryckt eller digitaliserat. Huvuddelen av de medeltida handlingarna finns antingen utgivna i bokform, har skannats eller mikrofilmats. För de handlingar som inte kan tillgängliggöras på det sättet är du hänvisad till att studera dem i vår läsesal. Se länkar till höger.